San Juan Bautista se convirtió en uno de los conventos más importantes de la región. Ya para 1569 el códice franciscano menciona el convento. Desde ahí emprendían los evangelizadores sus visitas a los seis pueblos que conformaban la Doctrina: San Miguel Totocuitlapilco, San Bartolomé Tlaltelulco, San Francisco Coaxusco, San Jerónimo Chicahualco, Santa María Magdalena Ocotitlán y San Felipe Tlalmimilolpan y San Mateo Atenco.
En 1754 el convento y la parroquia fueron entregados al sacerdote Cayetano Jacinto de Sotomayor, primer cura secular de Metepec. Este conjunto arquitectónico fue declarado monumento nacional el 6 de septiembre de 1934.
El claustro estaba totalmente cubierto con pinturas. Se observan todavía restos de la decoración ubicada en los muros, bóvedas, arcos y columnas, de magnífica calidad artística, representativa del proceso evangelizador, que constituyen un testimonio tangible del pasado virreinal en México.
Lo más notable de esta iglesia es su fachada barroca cóncava, con profusa decoración de argamasa.

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