A mediados del siglo XVII se vivían tiempos difíciles por estas tierras, por un lado se encontraban los indígenas Chichimecas, nativos de la región, y por el otro los españoles y sus mayordomos. En vista de que los Chichimecas se encontraban resentidos por los malos tratos de los españoles, don Alonso de Villaseca llegó a la conclusión de que la única forma de tranquilizar el espíritu enardecido de los naturales era mediante la catequesis o evangelización, por lo que pasando algunos años, donó la Hacienda de Guadalupe a los jesuitas que provenían de Querétaro, con la finalidad de que convirtieran al cristianismo a los indios alzados de la región, para poder llevar una convivencia pacífica.
Así, la Hacienda de Guadalupe pasaría a ser el centro de evangelización de la cofradía jesuita, quienes habían llegado a la Nueva España desde fines del siglo XVI. Para 1626 las tareas evangelizadoras del Colegio de Jesús de Querétaro se habían extendido por todo el altiplano y alcanzaban ya los llanos del sur del Nuevo Reino de León. Cabe destacar que en este trabajo se especula el tiempo en el que la capilla fue construida, probablemente no fue hasta que la Hacienda fue donada a los jesuitas, ya que ésta no está integrada al patio de paredes de sillar que rodea al casco principal; posiblemente la capilla, así como el acueducto que impulsaba el trapiche del antiguo molino localizado a 900 m de la Hacienda son obras arquitectónicas desarrolladas por los jesuitas, después de ocupar y tener ellos el control de la Hacienda de Guadalupe a finales del siglo XVII.

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