Se encuentra dentro de la zona arqueológica y fue erigida sobre una plataforma prehispánica que actualmente hace las veces de atrio. El templo fue levantado en 1544 sobre un complejo religioso zapoteca y cuenta con cuatro cúpulas, tres de forma octogonal en las naves cerradas y una circular que cierra el ábside. Una de las cúpulas octogonales encierra el santuario y otra el coro. La portada de la peculiar iglesia está ornamentada con crestas piramidales y en la pared sur del atrio aún es posible admirar el calado de mosaicos zapoteco. En el interior de la iglesia sobresalen varias esculturas religiosas.

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