Se encuentra ubicado en la planta alta de la Casa del Artesano. En el se exponen los vestigios de los diferentes grupos indígenas que habitaron San Joaquín en épocas pasadas. Exhibe 160 piezas, desde tiempos precolombinos hasta el siglo XX, algunas de ellas con más mil años de antigüedad, que han sido halladas en minas que operaron en esa época en la región. Destacan en la colección, metates para molienda de minerales y vasijas que servían para envasar cinabrio y almagre.

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