Conserva dos colecciones de máscaras, desde prehispánicas hasta nuevas producciones. La primera data desde 1987. Estas piezas conservan rasgos culturales de la comunidad. Cada una da muestra de las tradiciones del sitio, de los personajes míticos y de las leyendas que circundan a la Peña de Bernal. En conjunto, es una colección que se hace con los artistas locales, quienes las fabrican cada 2 de mayo desde 1987. Por sus características, es la colección que da más autenticidad al museo porque son piezas únicas, realizadas totalmente en Bernal, con madera de patol.

La otra colección está conformada por una recopilación de la señora Irma Chávez, quien la formó desde hace 40 años a la fecha, durante los viajes que hizo por todo el mundo. Las hay de África, América, América Latina, europeas, italianas, brasileñas, de Nueva Zelanda, de los Países Vascos.

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