El museo cuenta con cuatro salas de exposición, cada una de las cuales cuenta con una pantalla que funciona al tacto y muestra de manera interactiva la información que el público seleccione sobre el contenido en exhibición. En vitrinas herméticamente selladas y que contienen nitrógeno para conservar en buen estado su contenido, se exhiben los cinco cuerpos momificados encontrados en el panteón de San Antonio de las Alazanas, enterrados en una sepultura tipo túmulo a finales del siglo XIX y pertenecientes a la familia Nuncio.

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