Este museo muestra la historia indígena y mestiza de El Fuerte y su edificio fue erigido en el mismo lugar donde estuvo la fortificación del siglo XVII que da nombre a la ciudad, de la que se exhibe una réplica. Se muestran artesanías indígenas, una carroza fúnebre que según la leyenda lleva un fantasma, fotos y otros objetos. Un personaje histórico referido en el museo es el revolucionario indígena Felipe Bachomo, llamado «El Último Rebelde Mayo» nacido a orillas del Río Fuerte y fusilado en 1916 en Los Mochis.

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