Ubicado en un inmueble construido exprofeso de 1999 a 2001. Tiene por objeto coleccionar, investigar, preservar y difundir el patrimonio natural y cultural del pueblo de Malinalco. Resguarda documentos de la historia regional y piezas relacionadas con la antropología, la arqueología, la botánica, la cultura popular y la medicina tradicional. Destacan una reproducción de tamaño real del templo monolítico conocido como Cuauhcalli; la escultura de Ehécatl, dios mexica del viento, encontrada en el Cerro de los Ídolos de Malinalco, y otras piezas arqueológicas de origen teotihuacano. Cuenta con cinco salas permanentes divididas en 12 secciones, una sala temporal, jardín botánico, acuario de truchas, librería y tienda. Organiza visitas guiadas, talleres, conciertos, conferencias y presentaciones editoriales.

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