Considerado el más antiguo de cinco templos coloniales con que cuenta Durango; tiene su origen aproximadamente en el siglo XVI, cuando se fundó la misión franciscana en la que era la villa de Nombre de Dios. La construcción actual data de 1719, no obstante con anterioridad en este lugar existieron dos edificaciones, la primera se reducía a una capilla de adobe, techada de paja que servía también de dormitorio para los frailes; la segunda, una construcción más grande de la que se sabe que en 1630 contenía un retablo, el primero del que se tienen noticias de la región.
Las ruinas de este templo poseen gran importancia ya que es considerado la cuna de la civilización de la Nueva Vizcaya, por lo que fue considerado durante el año 2003 como parte de las actividades efectuadas durante el taller internacional de conservación y restauración de arquitectura de Tierra, trabajo coordinado por INAH Durango.
Hoy en día se aprecia el rescate de la torre única y se espera que pronto empiecen con la recuperación de todo la infraestructura del templo; mientras tanto los habitantes del lugar se han dedicado a cuidarlo y le dan vida con rezos y cantos todas las tardes frente al altar de San Francisco.

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