La Iglesia de Santa María de Magdalena fue construida en el sitio en donde estaba la iglesia de una misión que fue establecida por el jesuita misionero Eusebio Francisco Kino, quien fue el fundador de esta población que actualmente lleva su nombre. Este religioso introdujo la veneración al San Francisco Javier, quien desde entonces ha sido un santo muy venerado en todo el estado de Sonora desde el siglo XVI, por lo que la iglesia contaba con una capilla dedicada a este santo, pero debido a que este lugar recibe miles de fieles visitantes cada año que llegan a Magdalena de Kino ya sea pie, a caballo y en vehículos para visitar al santo durante las Fiestas de San Francisco que se llevan a cabo cada año a finales de septiembre y principios Octubre. En el año del 2013 el ayuntamiento de la ciudad construyó una nueva capilla para San Francisco Javier que se encuentra ubicada a un costado de la Parroquia donde se encontraba originalmente, la cual cuenta con una mayor capacidad para personas que le desean visitar.

---